Ο Bayek είναι ένας ταλαντούχος πολεμιστής που έχει το ρόλο του Medjay, είναι δηλαδή εκλεκτός του Φαραώ για να προστατεύει και να βοηθά τους ανθρώπους της Αιγύπτου. Ωστόσο, ο Φαραώ δυσκολεύεται να διατηρήσει την ισορροπία και να κυβερνήσει αποτελεσματικά με αποτέλεσμα η χώρα να βρίσκεται στα πρόθυρα του εμφυλίου, με την Κλεοπάτρα να προσπαθεί να αναλάβει το θρόνο. Η Ρωμαϊκή Αυτοκρατορία αποτελεί την πρώτη δύναμη της εποχής και για αυτόν το λόγο, οι δύο διεκδικητές του θρόνου θα αναζητήσουν να συνάψουν μια συμμαχία, για να ισχυροποιήσουν τη θέση τους.